HY_1203さん、こんにちは。
YIELD()はループ中にWindowsのメッセージキューをチェックし、先にキューにたまったメッセージを
処理後続きのスクリプトを動かします。
また、SetPointer（HourGlass!）は、スクリプトが終了すると元のポインターに自動的に戻すので
恐らくこのあたりに問題があると推測されます。
そこで、

案１
文頭でPointerプロパティに対し、HourGlass!をセット、終了時にArrow!をセット

w_1.Pointer = \'HourGlass!\'
DO WHILE 条件
YIELD()
   .....
   .....
LOOP
w_1.Pointer = \'Arrow!\'

案２
YIELD()の記述の下にSetPointerを記述
DO WHILE 条件
YIELD()
SetPointer（HourGlass!）
//ココから
   .....           
   .....
//ココまで実行中はHourGlass!
LOOP

＞また、YIELD()は、ループに入った直後、一回記述すれば宜しい
＞のでしょうか。
ループ１回の処理時間に依存すると思われます。
ループの中に処理時間のかかる処理があった場合、その処理の間にも
いったん制御を戻すようにYIELD()を記述したらいかがでしょうか？