サンプルソースです
Boolean bRet
String WkNULL
unsignedlong GW_HWNDFIRST   =     0
unsignedlong GW_HWNDLAST    =     1
unsignedlong GW_HWNDNEXT    =     2
unsignedlong GW_HWNDPREV    =     3
unsignedlong GW_OWNER       =     4
unsignedlong GW_CHILD       =     5
unsignedlong hWND
unsignedinteger  WM_CLOSE  =  16
integer SW_SHOWNORMAL       = 1
Long STARTF_USESHOWWINDOW    = 1
Long lpdwProcessId

STARTUPINFO lpStartupInfo
PROCESS_INFORMATION lpProcessInformation

lpStartupInfo.dwFlags      = STARTF_USESHOWWINDOW;
lpStartupInfo.wShowWindow  = SW_SHOWNORMAL;

SetNULL(WkNULL)
//ノートパッドを起動します。
bRet = CreateProcess(WkNULL, \"NOTEPAD\", WkNULL, WkNULL, FALSE, 0, WkNULL, WkNULL, lpStartupInfo, 
lpProcessInformation);

MessageBox(\"起動\",\"ノートパッドを起動しました~起動の確認をしてＯＫしてください\")

//全てのトップレベルのウィンドウを検索し、プロセスIDが一致したアプリケーションを終了させます
SetNull(hWnd)
hWnd = GetTopWindow(hWnd)
DO WHILE hWnd <> 0
GetWindowThreadProcessId(hWnd,lpdwProcessId)
IF lpdwProcessId = lpProcessInformation.dwProcessId THEN
PostMessage(hWnd, WM_CLOSE, 0, 0)
END IF
hWnd = GetWindow(hWnd,GW_HWNDNEXT)
LOOP

余談ですが
強制終了させたい場合は
TerminateProcess(lpProcessInformation.dwProcessId, 0);
としてみてもいいと思います。