k.ideさん、こんばんは。

こちらの環境はPB8.0はもう無いので、PB9.0で確認しましたが、動作は同じですね。
ウィンドウ上の他のコントロールにフォーカスが移動する場合は、編集中だった
SLE等のModifiedイベントが動作しますが、Alt+F4 やタイトルバーの Ｘ (閉じる) の
場合は、closequeryが先に動くようです。
たぶんこれは、PBというよりは、Windowsの仕様だと思うのですが...わかりません。

＞印刷中にウィンドウを閉じないようにするような方法で、
＞入力した項目のmodifiedが終わっていない場合はclosequeryを
＞Return 1 で終了させれば良いのかもしれません。

これしか方法はないんじゃないかなと思いますが、そもそもModifiedイベントで
何をしているのですか？
異常終了が発生するとのことでしたが、異常終了に結びつくような処理を行っているのですか？