レオさん、こんにちは。

＞PB:6.5
＞DB:SQLServer2000
＞
＞上記環境にてネイティブ接続を行うのですが、以下の問題が発生しています。
＞・Quoted identifierの指定を行った場合、ＰＢでＤＢ接続時に
＞　「カタログテーブルが作成できません」のメッセージが表示される。
＞　ＤＢペインタでテーブルを開き、データの更新が行えない。
＞　テーブルの拡張属性の設定不可。
＞　※それ以外の通常操作は問題なし。
SQLSERVERの環境がないのでなんともいえませんが
初めてDBにPBから接続する際、管理者ユーザでログインし
自動でカタログテーブルを作成しなければいけません。
カタログやリポジトリで過去ログを検索してみると
ヒントがあるかもしれません。

＞・カラム名が「３××」というような、１文字目が数字のカラム名を持つ
＞　テーブルを参照しようとするとエラー「selectエラー：\'３\'の近くに
＞　無効な構文があります。」が表示される。
＞　３を「三」などの漢数字に置き換えると、問題なし。
＞　SQLServer上ではカラム名を[ ]で囲えば問題なく操作可能。　
これまたSQLSERVERの環境がないのでなんともいえませんが
テーブル名をダブルクォーテーションでくくってみて下さい。
SELECT aaa
FROM 3bbb
↓
SELECT aaa
FROM \"3bbb\"