UrawaRedsさん、こんばんは。

PBのSaveAsでExcel形式を選択しても、単にセルの値としてしか見なしてくれません。
HyperLinkに限らず他の数式でも同じです。
セルが式として見なされるには、各セルの属性情報（たくさんあります）も同時に
保存される必要がありますが、残念ながらPBはそこまでやってくれないようです。

PB9・PB10 で追加されたフォーマット Excel8! でも実験してみましたが相変わらずでした。
（Excel7!じゃなくてExcel8!です）

回避策としては、ExcelではなくCSV形式でSaveAsすることです。
CSVであれば、Excelで開いた際に \"=XXXXX(?)\" の値は式として解析してくれます。
\"=HyperLink(URL,表示文字列)\" の場合でもきちんとリンクになってくれました。
これならPBの旧バージョンでも十分対応できると思います。

ただ残念なのは、リンクにはなってくれたけど青色＋下線などの修飾がなされないため
視覚的に判断しづらい点です。（マウスポインタを当てて始めて判断できる）
このへんはExcel側の仕様なのでどうにもできません。

普通にOLEでExcelファイルを書き出すのはダメなんですか？
生成に時間がかかるとは言っても、待ちきれないほど大きなExcelファイルを作ったところで
使う側が使いきれないんじゃないかな…