たにやんさん、こんにちは。

＞ここ→xlApp.Application.Activeworkbook.SaveAs(ls_savename)
＞
＞デバックをしてみるとこの部分でいいえをクリックした時にエラーが出てました。
＞どなたかこのエラーを回避する方法、またはこのエクセルからの上書き確認のポップアップ
＞消す方法をご存知のかたいますでしょうか？

コメントが付かないようですが、解決されたでしょうか。
少し確認してみましたが、ポップアップで「いいえ」を選択したときだけでなく
「キャンセル」でもエラーになるようですね。
上書き確認のポップアップを消すだけでしたら、以下の様に変更してみて下さい。

xlApp.Application.DisplayAlerts = False
xlApp.Application.Activeworkbook.SaveAs(ls_savename)
xlApp.Application.DisplayAlerts = True

こうすると、既定値が使用されるようです。
ただし、既に ls_savename で指定したファイルが開かれているときは、
やはり SaveAs でエラーが発生してしまいますが。