こんにちは。

＞起動時に、PCのマシン日付と何かを比較しなければならないと思いますが、
＞この「何か」を何にしても（INIファイル，レジストリ，DB上のデータ...etc）、
＞結局はマシン日付を戻せば使えてしまいます。
＞
＞マシン日付によらず、そこそこ「期限切れチェック」できる仕組みって、あるのでしょうか？
＞なんか、いい実例とかありませんか？

実例ではなくて単なる思いつきなのですが...

1) アプリを初めて起動したとき、INIファイルやレジストリなどに９０日分の
   クレジットを書き込む(９０日分の秒数とか)
2) アプリの中では起動時に時間を保持する
3) アプリの終了時に、記録してあるクレジットから起動していた時間を引いた
   ものでクレジットを更新する
4) 次回起動からは、クレジットがある場合は起動可能で、クレジットがなく
   なっていたら起動不可

これなら少なくともPCのマシン日付は関係ありません。
本当に実現できるかどうかは保証できませんが...

# INIファイルやレジストリを書き直せば使えるという話もあります...