kanon_kanonさん、こんにちは。

＞PB6.5.1のコンパイルについてです。
＞ユーザーオブジェクトを修正して、ライブラリからpblのプロパティを開いて差分のdllを作成しました。
＞コンパイル自身は正常終了して、このdllを使ってテストしたところ、画面上でENTERキーを押下した
＞途端にアプリケーションエラーが発生してしまいました。
＞そこで、一度フルコンパイルを行い、全てのdllを作成した後に、対象となるdllを抜き出して
＞再度試したところ、アプリケーションエラーは発生しませんでした。
＞作成されたdllのファイルサイズも特に違う点はありません。
＞
＞差分コンパイルとフルコンパイルで、挙動が異なるということはあるのでしょうか？
＞また、差分コンパイルを行う時の制限事項などがあるのでしょうか？

個人的なノウハウですので回答になっていないかもしれませんが、
実行ファイルを作成するときは、マシンコードを生成(EXE+DLL)するのではなく、
P-CODEを生成(EXE+PBD)で作成し、常にフルコンパイルするようにしておくと、
トラブルは比較的発生しにくいです。