クロノスさん、ありがとうございます。
返事が遅れましてすみません。
出張に行っていましたもので・・・。

＞私はPB6.5で利用していますが、チェックボックスを
＞「3D表示」にせず、
＞「ボックスサイズをフォントに合わせる」
＞事で対応できています。
＞
＞ただし、チェックボックスの背景色（四角の中の色）は、
＞色が設定されていない場合、データウインドウオブジェクトの背景色になります。

上記の方法で解決しました。
一つ気になるのは、チェックマークが通常のチェックボックスのマークと少し違う形ですね。
フォント等を変更してみましたが、特に変化はないようでした。
ひとまずは仕様通りですが、何か解決策があればよろしくお願いします。