お騒がせしました。
分割スクロールバーの右スクロールに関しての自己レスです。

＞ちなみに同期が取れる場合もあるんです・・・同じスクリプトを書いてるのに、同期が取れる画面もあって。
＞分割している位置でも動きが違うみたいです。

同期が取れる場合を突き詰めた結果、
二つのデータウィンドウのデータウィンドウオブジェクト(グリッド形式)のカラム幅を一緒にする
と、一つ右のカラムに移動する現象が起きなくなりました。
スクリプトが一緒なのに動作が違うのが気になっていましたが、オブジェクトのプロパティが関係していたようです。
スクリプトでdw_1とdw_2のカラムの幅を揃えたところ、うまくいきました。

PB.6.5.1の場合です。