hatiさん、こんにちは。

(改行位置を変更しました)
＞main.pblとＡ.pblとB.pblが有ります。アプリケーションを構築時、main.pbl以外はdll作成し、main.pbl→
＞main.exe、A.pbl→A.dll、B.pbl→B.dllとなります。数ヶ月前に一度全てを構築してmain.exe、A.dll、B.dllの
＞作成日は一緒になっていました。最近A.pblにバグが発生してそれに対処しアプリケーションを構築後、
＞問題のA.dllのみ入れ替えを行いました。ここで今度はBの画面の方に問題が発生してしまいました。
＞Bの画面のデータウィンドウ内のドロップダウンデータウィンドウが空白に成ってしまったのです。
＞問題が発生したBの画面のデータウィンドウはAの画面のデータウィンドウとデータをSHAREしています。
＞しかし、A.pblのバグ対応は別の箇所でありBのデータウィンドウに問題を与えないはずです。
＞ここで先ほど新たに構築したmain.exe、A.dll、B.dll（入れ替えではなく全て最新構築した物で実行）で
＞実行をした所、上記のような現象が現れず普通に動作しました。この様にバージョンの違いにより起こりえ
＞ない問題が発生することが有るのでしょうか？

この場合、B.pbl は A.pbl を参照していると見なされるのではないでしょうか。
それならば、インクリメンタル構築の場合でも A.pbl だけではなく B.pbl も
再生成されるのではないかと思います。
ですから、B.dll も入れ替えが必要となるかと思うのですが…。

この辺の事については、以下の 4 ページあたりが参考になるのではないでしょうか。

◆アプリケーションの配布?4527?PowerBuilder 5.0 マシンコード
http://powersoft.ashisuto.co.jp/technicalservice/techdocument/technoteonline/system/index.html#num03