ama_amaさん、こんにちは。

＞関数はWindowオブジェクトに埋め込んでいるのではなく、関数オブジェクトとして一つの
＞ファイルとして存在しています。

グローバル関数として定義しているということでしょうか。

＞教えていただきたいことは、PBLファイルをプロジェクトの構築で、EXEファイルにして
＞から実行すると、これまで、データウィンドウオブジェクトの計算カラムから正常に
＞呼び出せていた関数が、一部呼び出すことができなくなってしまうのです。色々試して
＞みたのですが、結局ダメでした。

EXE+PBDの形式にしないで、一つの大きなサイズのEXEを作成しようとしていませんか？
問題となっているグローバル関数が、ウィンドウからは呼び出されないでデータウィンドウ内
からのみ呼び出されている場合、EXEを生成するタイミングでそのグローバル関数が
漏れている可能性があります。

PBL毎にPBDを作成するようにして、EXE+PBDの形式になるようプロジェクトペインタで
設定して、EXEの生成を試してみてください。