xryusukeさん、こんにちは。

＞発言No.010183?4「コンピュータをシャットダウンする方法：95/98/NT(1)、(2)」
＞を参照したところ。見事、シャットダウンに成功しました。
＞が、しかし、再起動を行った後、エクスプローラを立ち上げたまま再起動した時のみ
＞スタートアップの設定もしていないのに再度エクスプローラが立ち上がってしまいます。
＞何も立ち上がらないようにしたいです。
＞原因がわかりません。どなたか、教えてください。

普通にWindowsをシャットダウンしても、エクスプローラが起動していれば
再起動後にも自動でエクスプローラが起動しますよ。

少なくとも私のマシン(NT4.0WS SP6a)ではそうです。
Windowsの仕様だと思っていたのですが。