自己レスです。
その後の調査でわかったことを報告します。

親データを親のキー項目で並ぶように「ソート指定」を使用して並び替えをしています。
これによりデータストアの段階では親データがソートされ、それに属する子データも従っているのですが
SetFullStateを使用してデータストアの内容をデータウィンドウに渡したときに
親データはソートされたままなのですが、子データがソートされていない状態になるようです。
これにより、親子関係のデータがでたらめになっていました。

それで強制的に再ソートを行うようにし解決することができたのですが、次の手法でないと再ソートさせることが
できませんでした。

    //ソート情報の取得
    ls_sort = in_ds.Object.DataWindow.Table.Sort
    //ソート指定の解除
    in_ds.Modify(\"DataWindow.Table.Sort=\'\'\")        <--- 1
    //再抽出
    in_ds.Retrieve()                                <--- 2
    //データストアをデータウィンドウにセットする
    in_ds.GetFullState(lblb_data)
    dw_data.SetFullState(lblb_data)
    //再ソート
    dw_data.setsort(ls_sort)                        <--- 3
    dw_data.sort()

「１」でソート指定のクリア後、「２」で再抽出を行わないと「３」のソート指定を受け付けませんでした。
できれば、レスポンスの関係上「２」の再抽出は行いたくないのですが
これはそういうものなのでしょうか？？？