NOZOMUさん、こんにちは。

＞これが、仕様だとして、同一アプリケーション内の他のウインドウを使用不可にすることはできるんでしょうか？
＞
＞どなたか、教えて下さい。

OSの仕様変更だったと思います。
PB5でも、OS（IE?)が違うと再現します。

WindowsAPIのMessageBoxA()を使用すれば、メッセージボックス表示中は、他のウィンドウに
切り替わらないようにできます。
MessageBoxA()につきましては、以下のURLを参照してください。
http://www.microsoft.com/JAPAN/developer/library/jpuipf/_win32_messagebox.htm

以下に記述例を示します。
・グローバル外部関数
function long    MessageBoxA(ulong hWnd, ref string text, ref string title, ulong style) 
library \"user32.dll\"

・グローバル外部変数
// MessageBoxAボタンの定数
CONSTANT ulong MB_OK = 0
CONSTANT ulong MB_OKCANCEL = 1
CONSTANT ulong MB_YESNO = 4

// MessageBoxAアイコンの定数
CONSTANT ulong MB_ICONSTOP = 16
CONSTANT ulong MB_ICONQUESTION = 32
CONSTANT ulong MB_ICONEXCLAMATION = 48
CONSTANT ulong MB_ICONINFORMATION = 64

// MessageBoxAプッシュボタンの定数
CONSTANT ulong MB_DEFBUTTON1 = 0
CONSTANT ulong MB_DEFBUTTON2 = 256

// MessageBoxAモーダル状態の定数
CONSTANT ulong MB_TASKMODAL = 8192

// MessageBoxAリターンの定数
CONSTANT integer IDOK = 1
CONSTANT integer IDCANCEL = 2
CONSTANT integer IDYES = 6
CONSTANT integer IDNO = 7

・スクリプト
string StrMsg, StrTitle
long NullHandle
SetNull( NullHandle )

MessageBoxA( NullHandle, StrMsg, StrTitle, MB_OK + MB_ICONEXCLAMATION + MB_DEFBUTTON1 + 
MB_TASKMODAL )