Two-manabuさん、こんばんは。

＞Timer関数は一つ使ってますので・・・
＞あの，Timer関数はひとつしか使えないんですか？
こういう場合、Timingオブジェクトを使用するとよいのではないでしょうか。
Timerは一つしか使用できないので、こちらでは時間表示もTimingオブジェクトで行っています。
以下がその手順です。(見にくいかも知れませんが…)

・まず標準クラス・Timingでユーザーオブジェクト(nvo_timing)を作成し以下の
　インスタンス変数・関数を追加します。

[インスタンス変数]
singlelineedit isle_1

[関数の宣言とスクリプト--引数は非表示にするオブジェクト・秒数]
uf_timer( ref singlelineedit sle, integer sec ) returns integer
//------------------------------------------------------------
isle_1 = sle
start( sec )

return 0

[timer イベント--非表示にする]
isle_1.Visible = False
stop( )

・次に呼び出し側にも以下を追加します。

[インスタンス変数>
nvo_timing iuo_timing

[windowのopenイベント]
iuo_timing = create nvo_timing

[関数のスクリプト]
＞ポップテキストを出す自作関数
＞＜??上は略ーー>
＞sle_1.visible = true
＞sle_1.x = PointerX() + 50
＞sle_1.y = PointerY() + 100

iuo_timing.uf_timer( sle_1, 2 ) // ここを追加

＞return 0