ぴーちさん、こんにちは。

＞それが少しのズレであればOSによるフォントの違いってことも考えられると思うのですが、
＞ズレ方が半端じゃないのです。
＞...
＞ただし、NTで実行するとズレることなくきれいに印字されます。これはプリンタドライバの問題なのでしょうか？
＞OSに依存しないようにするにはデータウィンドウ内で何か設定する必要があるのでしょうか？

ベタな対策ですが、Win2000マシンにPB7.0の開発環境をインストールし、
Win2000環境できちんと印刷できるようにデータウィンドウを調整します。
そして、Win98/NT用とは別のEXE/PBDを作成して配布する方法はどうでしょうか。