afro12さん、こんにちは。

＞DW上で検索するカラムがNumber型で検索引数が
＞Number型ならば問題なく該当レコードが
＞戻ってくるものですが、戻ってきません、又　
＞検索引数をNumber array型にすると
＞該当レコードが戻ってきます、最初は検索引数がNumber型
＞でも戻ってきていたのですが
＞いつの間にか検索引数をNumber array型にしないと
＞結果がでないようになりました、いじっているうちに
＞設定が変わった為かもしれませんが、
＞検索引数がNumber型でも結果が出るようにするに
＞はどうしたらよいのでしょう？

データウィンドウが生成しているSQL文に問題はありませんか？
データウィンドウをテキスト編集モードに切り替え、条件の箇所に
適当な値を設定し、SQL*Plus等で実行してみてください。