kuni9167さん、こんばんは。

＞テキストデータを取込む処理を作成しているのですが、テキスト内に16進数char型データが含まれています。
＞この部分はレコードの長さ情報を持っている部分です。
＞しかし、現在のスクリプトではどうも最終的に得られるデータにズレが
＞できてしまいます。Fileseekでポインタを強制移動している部分に無理が
＞あるのでしょうか？

おそらく、途中のNull(Hex 00)が欠落してしまうのではないでしょうか。
これは、Fileseek というより FileRead 関数で先頭の1バイト目が0x00の場合
読み飛ばしてしまうことがあるような。。。
# こちらで、少し見てみたところその様な現象が。。

それで、取得されるデータを String 型ではなく Blob 型にしてみました。
以下、参考にでもなりましたら。

//変数設定
long filenum, data_len, file_len, sts, i
string filename
blob data, data_sum, chr, data_cnv

//ﾌｧｲﾙ長さ取得
file_len = filelength(filename)

//ﾌｧｲﾙｵｰﾌﾟﾝ
filenum = fileopen(filename,StreamMode!)

//ﾌｧｲﾙ読み出し
Do Until fileread(filenum,data) < 0

//ﾃﾞｰﾀ長さ取得
data_len = len(data)
data_cnv = Blob(\"\")

//16進数char型00が含まれていた場合spaceを代入
For i = 1 to data_len
chr = Blobmid(data, i, 1)
If String(chr) = \"\" Then
data_cnv += Blob(\" \")
Else
data_cnv += chr
End If
Next

data_sum = data_sum + data_cnv

Loop

fileclose(filenum)

P.S.　それから…半角カナの使用は控えましょう。
　　　半角カナは全角に置き換えさせて頂きました。