うーのさん、こんにちは。

＞ 前述の方法でＯＫかなと思っていたのですが、、
＞ファイルのサイズをちょっと大きくした際 途中までしか処理できませんでした。
＞参りました。

なんか、PBとは別次元の問題なような？

HDDのフラグメンテーションの状態はどうですか？

メモリは、十分ですか？
メモリが不十分で頻繁にスワップファイルへのアクセスを行っていませんか？

ウイルスバスターなどの常駐系ウイルススキャンソフトが走ってたりしませんか？
その他、HDDをアクセスするようなアプリケーションとかがタスクトレイにあったりしませんか？

なんか、質問攻めになってしまいましたが、パソコンの環境面が怪しい気がしてならないんですが。