purinさん、おはようございます。

＞SaveAs関数を使って、DataStore→ＣＳＶ形式ファイルに落としたいのですが
＞落とす際に、日付ならyyyy/mm/dd　数値なら#,##0.000　のように決められた書式で出力したいのですが
＞日付は yy/mm/dd 数値は　18桁表記になってしまいます。
＞
＞言えません。　　書式を設定する良い方法はないでしょうか？

DataStoreが保有しているデータそのものを変更しない限り、望みの事は実現できないと思います。
１．カラム毎にデータを取得
２．書式に変換したデータの作成
３．エキスポート用のdatawindowに、データを設定する。
４．全カラムに対する設定を、全行に対して行う。
５．エキスポート用のdatawindowに対して、SaveAs関数を実施する。

こんな所でしょうか。
ただ・・
10000を10,000で保存した時点で、それは数値ではなく文字としての扱いですね。
ですから、作成したCSVでインポートするなら、インポート用のdatawindowへ転送後、文字データから
書式をなくしたデータへ変換。　及び格納用のdatawindowに対し、カラム毎に全行を設定しないといけ
ないと思います。