Yamamotoさん、こんにちは。

＞非表示のウィンドウはあります、ＣＬＯＳＥはしてるのですが？
＞ちなみにこのウインドウにはＯＬＥを貼りつけて別アプリと
＞連携しているのでがその当たりも関係しているのでしょうか？

では、そのClose関数が失敗しているかもしれません。
戻り値をチェックする or 表示状態にしてテストするなどしてみてください。

あと、PBのバージョンが書いてないのでわかりませんが、PB5の初期の頃は、
NVOをDESTROYしないまま終わらせてもタスクが残りっぱなしになる不具合がありました。