tm0815さん、こんにちは。

＞メッセージキューにたまっているメッセージを強制的に取り消すには
＞どうしたらよいでしょうか？

状況がまったくわからないので憶測になりますが、場合によっては
以下のような仕掛けが必要になる時があります。

１．メッセージを発生させない
　　　→ ウィンドウやコントロール等を、ある一定期間 Disableにしておく

２．メッセージを受け取っても無視する
　　　→ イベントの発生が防げなければ、フラグ等の変数を使ってスクリプトの中で制御する

メッセージキューをクリアするのは、技術的に可能だったとしてもやめておいたほうが
賢明です。メッセージ・ドリブンが基本ですからね。