いっちーさん、こんにちは。

＞スクリプトを修正して、デバッグしようとしたのですが、
＞デバッグウィンドウを開くと
＞スクリプトが修正前の状態になっています。
＞どうして？？？
＞よくよく考えてみると、
＞普通に実行してみても、修正前のスクリプトが
＞実行されているように思われます。

PBのバグ臭い話しですね。
pblファイルの中に修正前のスクリプトがゴミデータとして残ってしまい、
何かのタイミングでそれが復活してしまったような感じです。

問題のウィンドウを、ライブラリペインタで再生成してから、そのpblを
最新化し、もう一度再生成を実行してみてください。

それでダメなら、pbを5.0.2→5.0.04にマイナーバージョンアップする
ことを考えないといけないかもしれません。

＞関係ないのかもしれませんが、
＞一応、同じライブラリ内の別ウィンドウを修正してみたんです。
＞すると、ちゃんと修正後のスクリプトが
＞デバッグウィンドウに表示されました。

こちらは、ゴミデータが復活せずに正常に動作しているようですね。