taka2さん、こんにちは。
＞ブラウザ上に表示できるのはチャイルドウインドウのみ。
＞チャイルドウインドウからチャイルドウインドウは表示できない。（ポップアップとレスポンスは可能）
＞これにより、ログイン画面をチャイルドウインドウでブラウザ上に表示させた場合、
＞次以降の画面は全部、ポップアッ
＞プ又はレスポンスウインドウで作成する。
＞こういうことですよね。
そういうことです。

私が、試験的にWebに移行したシステムはメインウィンドウは必ず共通の先祖を持つようにしていたので、
その先祖を、ポップアップに変更したところ、画面遷移は問題なく可能でした。

ただし、この方法ですと、1つのHTMLファイルに全てのPBDファイルを記述し、
一度にダウンロードする事になるので、起動までの時間が結構かかる事になります。