Okaさん、こんにちは。

＞この状態で、1.のGetWindowsDirectoryAを実行しても問題なくディレクトリ情報を取得できるのですが、
＞3.を1.の上に移動し1.のGetWindowsDirectoryAを実行すると「エラー:関数が参照できませんでした。」エラーが
＞表示され、情報を取得することができません。

PBの外部関数定義は、怪しいところがあります。
外部関数定義の順番を入れ替えると実行時に同様にエラーになる
以外に、

1.何回か外部関数を呼び出しているうちにエラーになる
2.WinNTでは動くがWin95では呼び出しがエラーになる
3.ローカル外部関数に定義するとエラーになり、グローバルで定
義すると動く
4.デバック環境・pbdでコンパイルでは動くが、ネイテ
ィブコンパイルすると外部関数の呼び出しエラーになる

といったことがありました。
結局原因は追求していませんが、動けばOKというふうに
しています。