nobuyanさん、こんにちは。
ryochan＠休み明けでぼっけぼっけです。

GetFullPathNameA関数実行時に
Gドライブのルートディレクトリが
カレントディレクトリになってませんか？

確かこの関数は、存在するファイルについて調べるものではなく、
引数で定義されたファイルについて、
カレントドライブとディレクトリをマージして
相対ファイル名を絶対パス名に変換するもの
だったと思います。
（もし、存在するファイルをチェックしていたら
同じファイル名で複数のディレクトリに
存在していたら処理できないと思います。）

そこでnobuyanさんのご質問の対処ですが、
２００００７０１.txt等のファイル作成について
格納ディレクトリの具体的な仕様が不明なので、
詳しくは分かりませんが、
既に決まっているディレクトリならばそのディレクトリ
をデータとしてiniファイル等に格納する等の方法が
考えられますが、
上記の（）内の理由により、関数等の機能では直接取得
できない（判断できない）と思います。
できれば、詳しい情報をお願いします。

p.s.
盆に名古屋に帰ったのですが、帰る前に
nobuyanさんに連絡をとるのを忘れてしまい
会うことができませんでした。
すみませんでした。