ナオさん、こんばんは。

最初に少々苦言を。
インターネット上で半角カナの使用は、マナー上よろしくありません。
半角カナがOKなのは、シフトJISコードを採用しているマシン(Windows-PCなど)だけです。
UNIXマシンのブラウザで参照すると文字化けを起こします。ご注意を。

＞検索条件によってwhere句を動的に変更するプログラムを作成中です。
＞過去ログを見たのですが、GetSQLSelectでSQLを取得してWhere句を
＞結合してRetrieveするという方法がありました。
＞
＞SetFilter関数で条件を指定して、Filter()を適用すると、
＞今のところうまくいきます。
＞データ件数が多くない場合、SetFilterで、条件にあったデータを
＞絞り込むやり方でも問題ないでしょうか？

SetFilter関数はデータウィンドウに取り込んだデータを対象に絞り込みを行います。
したがって、データウィンドウに取り込む件数が増加するとレスポンスが遅くなります。

その点だけ注意すれば、動的にWHERE句を設定する方法と同じ結果を得ることができます。