chiiさん、こんにちは。

＞?上記現象を経験された方はいないでしょうか？

おそらく、GDIリソースが不足したため描画がうまくできていないのではないでしょうか。
PB以外に実行しているアプリケーションがあったら、クローズしてみてください。

＞?１本当たりのＰＢＬファイルの最大サイズの目安はどれくらいでしょうか？
＞　・上記ＰＢＬファイルは1.5MBです。まだ増加します（機能追加により）
＞　・もちろん Retrieve したデータ量の兼ね合いもありますが、データは少ないです。（数行）

PB教育テキストでは、1PBLで800KBを推奨しています。

＞?ＰＢＬファイルを分割したほうが良いのでしょうか？
＞　・最終的には「ＤＬＬ」化しますが、その場合、性能的に遅くなるので(ＬＯＡＤ時間）、
＞　　できれば避けたい対処です。

分割すべきです。
巨大なEXEを作成すると、EXE実行時にすべてメモリ上に展開されるのでメモリ
消費量が多くなります。PBD(またはDLL)にすると、必要なオブジェクトだけが
メモリに展開され、使用頻度の低いオブジェクトはメモリから除去されます。