＞バグを修正したライブラリのみを上書きして、アプリケーション全体として
＞不具合は起きないのでしょうか？
＞
＞できれば、ＰＢでそのライブラリのみを上書きしてしまうような
＞パッチファイルを作ってしまいたいのです。

Kochanさん、こんにちは。

一度コンパイルして完成したアプリケーションのアップグレードは、
基本的にはランタイムライブラリ(PBDやDLL)のファイルを置き換えるだけでいいはずです。

ライブラリペインタで目的のPBLを選択して[ランタイムライブラリの構築]を実行します。
できたファイルをバッチファイルなりで、所定のフォルダにコピーします。
ご質問の「パッチファイル」そのものは、エディタ等で作られるんだと解釈しましたが、これでよろしいですか？

ただし、ご質問のように不具合が心配ですので、
ランタイムライブラリを構築しなおすときは、配布しないPBLはリリース時点のものに戻してから行う必要があります。
つまりリリース後に A.PBL と B.PBL を修正していて、今回 A に含まれる機能のみ提供したい場合(A.DLLのみ配布)、
B.PBL を修正前のライブラリに戻しておきます。参照しているオブジェクトのプロパティや関数が変更されていれば
A だけでは配布できないからです。この場合リリース時点のものに戻すことで、コンパイルエラーが出るはずです。
面倒なようですが、大規模アプリケーションになるとこの方がコンパイルも早いです。

あとランタイムライブラリ(PBDやDLL)が増えた場合は、完全に再コンパイルすることになります。

P.S.
あ、これ書いている内に解決しちゃったみたい。(^_^;