ＨＡＬさん、こんにちは。

＞  今、半年ぐらい前に他の人が作った画面をメンテナンスしているのですが、
＞題名の通り、あるSOKO_CDというカラムのProtectを式による設定で、
＞
＞if(input_su > 0, 1, 0)
＞
＞と記述しても、Protectが思う様にかかってくれません。
＞同じ行にある、別のカラムにも同じ式によるProtectをかけており、それは
＞正常に機能しているのですが．．．。
＞
＞  実はあるウィンドウ関数でModify(\"SOKO_CD.Protect = 0\")と
＞記述されている部分があるのですが、この部分をコメント化すると、
＞今度は全ての行のSOKO_CDにProtectがかかってしまいます。
＞（ちなみに前述の正常に機能しているカラムに関しての記述はありません。）
＞
＞どうにかして、input_su > 0 の時のみProtectをかける方法は無いのでしょうか？

推測モードのコメントですが、最初にSOKO_CDというカラムのProtectの式で、
　if(input_su > 0, 1, 0)
と設定されているのが、ウィンドウ関数でModify(\"SOKO_CD.Protect = 0\")を実行することで
　SOKO_CD.Protect = 0
と書き換えられてしまっているように思われます。

プログラムの中でDescribe関数を使用し、プログラム実行中にSOKO_CD.Protectの
内容がどうなっているか、確認してみてください。