VANさん、こんにちは。

＞まず、ループ処理のキャンセル用コマンドボタンを作成しインスタンス変数にフラグを
＞セットするスクリプトを作成します。
＞次に、データウィンドウの行を先頭から最後までループ処理させます。
＞ループ処理内にYield関数を置いてインスタンス変数のフラグをチェックし、フラグに値
＞がセットされていればループ処理を抜ける（キャンセル用コマンドボタンが押された時）
＞ようにしています。
＞
＞ここで問題なのは、マウスポインタの表示がちらつきすぎてキャンセル用コマンドボタ
＞ンにマウスポインタを合わせるのに苦労するということです。
＞
＞ちなみにループ処理内には毎回、Filter関数が実行されてましてそれが原因のようなのです。
＞（Filter関数をコメントにして実行するとちらつきませんでした）
＞
＞SetRedraw関数をためしましたが効果がありません。

無責任モードのコメントですが、(;^^)

データストアを作成し、こちらで実際の処理を行うようにするという案はどうでしょうか。
データウィンドウの方はshareData関数で同じデータを表示しておき、あたかもデータウィ
ンドウで処理をしているかのように見せかけておきます。